Yo siempre había usado el comando aptitude ahora aunque se puede instalar también pondré la forma de hacerlo con apt-get desde la terminal.
1) dpkg --get-selections | grep linux-image
veremos la lista de los diferentes kernel que tengamos
2) sudo apt-get purge linux-image-xxxxxx-generic
en las xxxx colocaremos la imagen del kernel que deseemos eliminar podemos auto completar usando la tecla <TAB>
Ejemplo:
sudo apt-get purge linux-image-4.8.0-56-generic
Algunas veces tenemos instalado linux-headers y para eliminarlos y dejarlo limpio seguimos los mismos pasos
1) dpkg --get-selections | grep linux-headers
2) sudo apt-get purge linux-headers-XXXXX
También colocamos los números correspondientes pero aquí debemos poner hasta donde termina el número se eliminarán dos paquetes por eso cambia un poco debe ser como en el ejemplo.
Nos pedirá la contraseña también pero aquí eliminará dos paquetes de una vez ya que no le ponemos el generic de último, se pude hacer pero se quitaría uno por uno y mejor de un solo.
Ejemplo:
sudo apt-get purge linux-headers-4.8.0-56
eliminará el linux-headers-4.8.0-56 y el linux-headers-4.8.0-56-generic y ¡listo!